内设机构
水利局设6个职能科(室)。
(一)办公室
协助局领导对各科室工作进行综合协调、组织机关日常工作；负责文秘档案、政务信息、保密保卫、会议组织、宣传报道、信访和计划生育等行政事务工作。
(二)计划财务审计科(挂国有资产监督管理科、综合经营科牌子)
拟订水利中长期发展计划、年度计划；协助大中型水利工程可行性研究报告的立项、审核的申报；组织对水利基建项目及新建工程的竣工验收；负责综合统计工作和行业财务管理及水利公益性资产管理工作；监督水资源费、水费、堤防费的征收和使用工作；指导水利国有资产管理工作和局属单位的财务工作；负责水利资金管理使用情况和水利工程项目建设管理情况的内部审计、监督；指导、监督水利行业的内审工作；指导水利综合经营工作、拟订水利综合经营发展短中长期规划、年度计划；指导水利系统综合经营、水利旅游、水利渔业等工作；参与水利综合经营的调查研究，负责信息服务工作；负责综合经营项目的审批及产前、产中、产后的服务工作；负责对省的年度综合经营资金实行统筹规划和项目管理工作。
(三)水政水资源科
负责水资源统一管理和保护工作；拟订河流综合规划；负责大中型水利工程可行性研究报告的立项申报和审核；制订水长期供求及其水量分配计划；实施取水许可证制度和水资源费征收制度，协管水资源费的征收；组织编制流域综合规划和专项规划；负责节约用水、城市供水水资规划和水资源的调查评价、水质监测工作；审核水域的纳污能力，提出限制排污总量的意见。研究拟订发展水利方针、政策，组织、协调水利地方性法规、政策性文件和综合性报告的起草工作；负责水利行政复议和水利执法监督工作，承担水利信息工作。
(四)工程管理科(挂机电科牌子)
负责河道、水库、湖泊等水域及其岸线、河堤、海堤、河口和滩涂以及水利工程的管理和保护工作；对江河海堤和水利工程的防洪安全进行行业管理；对水库大坝、：大中型水闸安全实施监督管理；监督水利工程供水水费、堤防费的征收，归口管理水利水电基层组织建设工作。负责小水电的规划设计、技术挖潜改造及立项审批；拟订小水电年度计划；负责机电排灌工程新建和技术改造项目的立项审查和安全运行管理；拟订人畜饮水年度计划，审定其工程施工合同和工程质量监督；负责节水灌溉、评估审查、规划设计、贴息贷款申请与管理及质量监督。
(五)水利技术科
组织、协调、监督大中型水利工程的建设与验收，对水利工程建设进行行业监管；组织水利基建项目的初步设计、审核和报建、主体工程开工审批及工程后评价；管理水利建设市场，负责监督指导工程招投标、建设监理和工程质量。定额管理工作。负责水土保持工作和组织水土保持重点治理区的工作，协调水土流失综合治理。协助组织水利科技成果推广。负责水利学会工作。
(六)人事科(挂科技教育科、老干科牌子)
负责局机关公务员管理工作；组织、指导直属单位机构编制、人事、劳动工资工作；指导本行业劳动保护； 归口管理安全生产；组织专业技术职务的评聘工作。负责机关及直属单位的监察、纪检工作；负责局机关和指导直属单位的党务、宣传教育、组织、统战、工会、共青团、妇联等工作。拟订水利科学技术和教育发展规划；负责水利科研立项审批、管理、鉴定、登记、申报及科技成果的推广工作。负责职工培训教育工作。负责老干管理工作。
防汛防风防旱指挥部办公室，挂靠水利局。主要负责防汛防风防旱指挥部的日常工作。负责组织、协调、监督、指导全市防洪工作，对大江、河、海和重要水利工程实施防汛、防风、防旱调度。
市水库移民工作领导小组办公室，挂靠水利局。主要负责水利部门管理酌水库移民安置工作。
局直属行政单位
水利水政监察支队。主要负责《水法》、《水土保持法》、《防洪法》及有关法规实施监督检查；负责查处违法行为；依法征收水资源费及其他费用。